Natural de Vacaria - RS, veio estudar no Colégio Rosário em Porto Alegre e graduou-se  em Medicina na Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) em 1995.  

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Fez Especialização em Cirurgia Geral e Urologia no Hospital de Clinica de Porto Alegre (HCPA) de 1996 a 2000.

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Atualmente, Dr Rafael Boeno é membro do Corpo Clinico e do Grupo de Urologia do Hospital Moinhos de Vento, dedicando-se mais intensamente as Áreas de Uro Oncologia, Biópsia de Próstata, Litiase Renal e Ureteral e Cirurgia Laparoscópica e Robótica.